Das Landesverwaltungsamt wurde am 1. Januar 2004 aufgrund des Gesetzes zur Neuordnung der Landesverwaltung vom 17. Dezember 2003 errichtet. 25 Landesbehörden (drei Regierungspräsidien, das Landesamt für Versorgung und Soziales, zwei Ämter für Versorgung und Soziales, neun Staatliche Schulämter, neun Staatliche Seminare für Lehrämter, ein Staatliches Seminar für das Lehramt an berufsbildenden Schulen) sind mit Wirkung vom 31. Dezember 2003 aufgelöst und deren Aufgaben auf das Landesverwaltungsamt verlagert worden.

Der Hauptsitz des Landesverwaltungsamtes ist in Halle/Saale, unselbstständige Nebenstellen befinden sich in Magdeburg und Dessau-Roßlau.

Zum Errichtungszeitpunkt 2004 bestand das Landesverwaltungsamt aus sieben Abteilungen mit insgesamt 19 Referatsgruppen, 71 Referaten und vier Stabsstellen. Im Ergebnis einer konsequenten Straffung der inneren Organisation umfasst das Landesverwaltungsamt derzeit sechs Abteilungen mit insgesamt 42 Referaten, drei Stabsstellen, einer Koordinierungsstelle EG-DLR und einer Koordinierungsstelle Cross-Compliance. Dies ging einher mit einem nicht unerheblichen Stellenabbau.

Es erfolgten im Landesverwaltungsamt folgende wesentliche Umstrukturierungen:

• Zum 1. Juli 2004 wurde mit der Neuorganisation der Sozialhilfeverwaltung die Abteilung 7 - Sozialagentur - des Landesverwaltungsamtes aufgelöst und die Aufgaben im Wesentlichen in die neu errichtete Sozialagentur verlagert.

• Zum 1. November 2004 wurden die drei landeseigenen Großschutzgebietsverwaltungen Biosphärenreservat Mittelelbe, Naturpark Drömling und Biosphärenreservat i. G. Karstlandschaft Südharz in das Landesverwaltungsamt ingegriert.
  
  
• Zum 1. Februar 2006 wurde die IT-Nutzerbetreuung der Beschäftigten des Landesverwaltungsamtes vom Landesinformationszentrum in das Landesverwaltungsamt verlagert.
  
  
• Zum 1. Januar 2007 wurde das Referat "Gedenkstätten" des Landesverwaltungsamtes aufgelöst und in die neu errichtete Stiftung Gedenkstätten Sachsen-Anhalt überführt.
  
  
• Infolge der Umressortierung des Landesinformationszentrums zum 15. Juni 2008 erfolgte die Eingliederung der Zentralen Vordruckstelle einschließlich Druckerei in das Landesverwaltungsamt.
  
  
• Zum 1. März 2009 wurden die Aufgabenbereiche Fort- und Weiterbildung, Evaluation von Schulen sowie die Staatlichen Seminare für Lehrämter Halle und Magdeburg in das neue errichtete Landesinstitut für Schulqualität und Lehrerbildung Sachsen-Anhalt (Qualitätsagentur) überführt.
  
  
• Zum 1. Januar 2010 erfolgte eine Kommunalisierung von Aufgaben im Rahmen des Zweiten Funktionalreformgesetzes.
  
  
• Zum 1. Juli 2010 wurde der Aufgabenbereich "Landesamt zur Regelung offener Vermögensfragen" umstrukturiert und um ein Referat auf zwei Referate reduziert.
  
  
• Zum 1. Januar 2012 erfolgte die Ausgliederung der Schulaufsichtsverwaltung und deren Eingliederung in das neu errichtete Landesschulamt nach dem Vierzehnten Gesetz zur Änderung des Schulgesetzes des Landes Sachsen-Anhalt.